Von den rund 73'000 Fahrgästen pro 1876 entfielen allein je etwa 10'00 auf die Monate Juli und August; in den Wintermonaten war der Verkehr minim.

Ab 1. September 1877 verkehrten die RHB-Lokomotiven durchgehend bis und ab Rorschach Hafen, was eine Änderung des Gemeinschaftsvertrages bedingte.

Güterwagen nach der RHB wurden durch die VSB nach der "Bergstation" verbracht, wofür die RHB Gebühren zu entrichten hatte. Die zulässige Fahrgeschwindigkeit Heiden – Wienacht betrug 12 km/h, Wienacht – Bergstation 10 km/h, auf der Adhäsionsstrecke 14 km/h

Die Kontrollingenieure beanstandeten 1888 plötzlich die seit der Eröffnung übliche Zugsbelastung, was möglicherweise eine Folge des Unglücks auf der ARB 1885 war. Die Dienstreglemente wurden 1891 überarbeitet. Das Zugsgewicht durfte nunmehr nur noch maximal 42 t betragen, wobei talwärts mit Vmax 8 km/h gefahren werden sollte. Die Zugskompositonenen sollten stets aus einem der beiden Doppelstock-Wagen 1 oder 2 bestehen (mit Postabteil und Dampfbremse). Bei Zügen mit drei oder mehr Personenwagen mussten alle Handbremsen ausg. an Wagen 1 oder 2 besetzt sein. Als Höchstgeschwindigkeit war nun auf 90 o/oo berg- und talwärts 10 km/h, bei geringerer Steigung 12 km/h zulässig, auf der Adhäsionsstrecke merkwürdigerweise nur noch 13 km/h. Als Zugfolge war eine Distanz von 500 m, ausnahmsweise 400 m vorgesehen.

In Heiden war eine Gleissperre, die nur für die Zugs- oder Lokomotivdurchfahrt geöffnet werden durfte. In Rorschach und Heiden wurden die Zugsabfahrten 5 Minuten vorher durch zwei Glockenschläge und Aufrufen zum Einsteigen angekündigt. Der Abfahrbefehl des Zugführers wurde mittels Dampfpfeife abgegeben, um zu kontrollieren, ob Signalleine und Pfeife in Ordnung seien.

Das Eisenbahn-Departement rügte 1898, dass Zugsbelastungen von 50 t vorkamen, derweil nach Reglement 42 t zulässig waren. Nur die neue Lokomotive 4 wurde für 50 t zugelassen.

Mit dem Güterwagenverband wurde 1901 ein Übereinkommen getroffen, wonach nur "Güterwagen mit betriebssicheren Bremsen" nach der RHB eingesetzt werden können.

Bis zum ersten Weltkrieg konzentrierte sich der Personenverkehr stark auf die Sommersaison Juli und August, in denen in den Jahren um 1900 je rund 17'500 Reisende verzeichnet wurden, in den Wintermonate dagegen nur gut 4000 Reisende. Der Güterverkehr war vor allem im Frühjahr und im Herbst stark, im Winter schwächer. Aber selbst noch 1929 war der Verkehr in den Sommermonaten bis zu drei Mal grösser als im Winter.

Der Kontrollingenieur schlug 1917 Bremshütten anstelle der Bremssitze auf dem Wagendach für die an der Spitze laufenden Wagen vor, um das Zugpersonal vor Wind und Wetter zu schützen. Er konstatierte, dass an der Spitze Güterwagen ohne Plattform mitgeführt werden und der Zugführer ab Bergstation die Billettkontrolle durchführte, so dass niemand die Strecke überwachte. Die RHB wollte nichts ändern mit der Begründung "Das wurde schon immer so gemacht". Das Departement unterliess indessen eine Mahnung wegen geringer Geschwindigkeit, wenig Zugfahrten und abgelegener Lage der Strecke, umsomehr als Güterwagen bergwärts nur bei Tag mitgeführt wurden.

1954 verlangte die Aufsichtsbehörde kategorisch die Ausrüstung aller Personenwagen mit Bremszahnrädern. Es sollten zumindest einmal die Wagen 9 (UeBB), 14 und 15 (Seetaler) mit Bremszahnrädern ausgerüstet werden.

Für die mit Bremszahnrädern ausgerüsteten, jedoch nur handgebremsten Sommerwagen 3 – 7 wurde der ausnahmsweise Einsatz mit einem Bremser pro 2 – 3 Wagen erlaubt. Das Eidg. Amt für Verkehr forderte die RHB auf, in Zukunft nur noch Personenwagen mit luftgebremsten Bremszahnrädern anzuschaffen. BCFeh2/4 23 durfte nur einen mit Fahrgästen besetzten Wagen ohne Bremszahnrad mitführen. Von diesen rigorosen Vorgaben kam man aber bald wieder ab.

Die zulässige Zugsbelastung auf der Talfahrt wurde 1998 auf Weisung des Bundesamtes für Verkehr von 115 auf 65 t reduziert. Da der Güterverkehr, der in den Jahren um 1960 durch die Übernahme von Steintransporten für Strassenbauten und später mit den Getreidetransporten hatte erheblich gesteigert werden können, nun zur Bedeutungslosigkeit sank, macht diese Beschränkung keine grosse Mühe. Die Zahl der als Wagenladungen beförderten Gütertonnen sank 1990 erstmals unter 1000 Tonnen. Der Cargo-Domizil-Dienst wurde 1994 aufgehoben.

Wegen Austritten beim Fahrpersonal wurde auf den Fahrplanwechsel 1996 die "Fahrgastselbst-Kontrolle" eingeführt. Es wurden Versuche mit einer Fernsehkamera für die Streckenüberwachung vom Führerstand aus gemacht, die erfolgreich verliefen.

In den ersten Jahrzehnten waren drei bis vier Zugspaare als Grundfahrplan die Regel; während der Saison oder an bestimmten Wochentagen verkehrten zusätzliche Züge. Die Bahn ersuchte 1879 mit einer Eingabe an den Bundesrat, den Artikel 12 der Konzession dahin zu ändern, dass im Winter nur noch zwei Zugspaare geführt werden müssten. Auf Betreiben der Gemeinde Heiden mit Unterstützung des Kantons Appenzell AR wurde das Gesuch abgelehnt.

Der Fahrplan 1899 umfasste ein Zugspaar Heiden – Rorschach Bahnhof und deren fünf bis Rorschach Hafen, davon drei Zugspaare saisonal. 12 fakultative Zugspaare Bergstation – Steinbruch und eine Lokleerfahrt Heiden – Bergstation – Heiden dienten dem Steintransport..

1904 erfolgte die Einführung eines Frühzugspaares. Während der Saison wurde ferner ein neues Abendzugpaar geführt, was den Einsatz einer zweiten Lokomotive nötig machte.

1913 vor Kriegsausbruch verkehrten sieben Zugspaare ganzjährig, ein weiteres im Juli und August. Der Kriegsfahrplan von 1914 umfasste fünf Zugspaare.

1917 musste der Fahrplan wegen des Kohlenmangels auf behördliche Weisung hin in mehreren Schritten eingeschränkt werden. Während der Winterfahrplan 1916/1917 noch sechs Zugspaare vorsah, musste ab Februar 1917 eines wegfallen. Bei den weiteren Einschränkungen blieb es aber bei der RHB bei fünf Zugspaaren.

Ab 1. März 1918 konnten nur noch drei Zugspaare geführt werden. Die nächste Einschränkung ab 1. Dezember 1918 konnte keine weitere Reduktion der für die Abwicklung des lebensnotwendigen Verkehrs nötigen drei Zugspaare mehr bringen. Dagegen brachte diese fünfte Einschränkung "die unliebsame und einschneidende Überraschung der gänzlichen Einstellung des gesamten Personenverkehrs an Sonn- und allgemeinen Feiertagen".

Der Plakatfahrplan hatte Weltformat, der RHB-Fahrplan selbst umfasste aber nur kleine Felder. Den Rest beanspruchten die Anschlüsse von Basel über drei Wege (denn noch war die RHB-Direktion in Basel beheimatet), nicht aber von und nach Bern oder Luzern, Winterthur usw., dazu div. Bodensee-Schiffstationen und die ersten Autokurse ab Heiden

Bis zu Elektrifikation waren sechs Zugspaare die Regel, doch gab es jetzt im Gegensatz zu den Anfangsjahren einen nur an Wintersonntagen verkehrenden Sportzug!

Mit der elektrischen Traktion konnte die Fahrzeit um einen Drittel gekürzt werden.

Es verkehrten acht Zugspaare ganzjährig und zwei temporär. Die Fahrzeit Rorschach Bahnhof – Heiden betrug 28 Minuten, Talfahrt 25 Minuten

Für die Besucher der Landesausstellung 1939 in Zürich wurde an Sonntagabenden ein zusätzlicher Spätzug mit Ankunft in Heiden um 01.15 Uhr geführt. Nach Kriegsausbruch wurde zunächst der Kriegsfahrplan mit sechs Zugspaaren, ab 8. Oktober ein etwas reduzierter Zivilfahrplan mit 7 – 8 Zugspaaren geführt.

1980 verkehrten Montag – Freitag 13 Zugspaare, davon drei nur bis Rorschach Bahnhof, an Samstagen/Sonn- und Feiertagen ebenfalls 13 Zugspaare (mit einen Spät- anstelle des Frühzuges, zwei nur bis/ab Rorschach Bahnhof).

Die Einführung des Taktfahrplanes der SBB brachte der RHB 1982 Nachteile, insbesondere auch wegen des weitgehenden Wegfalles der durchgehenden Schnellzüge aus der Westschweiz nach Rorschach. Der Fahrplan wurde bestmöglich angepasst.

Mühsam gestaltete sich die Überfuhr des 1953 bei SLM in Winterthur erbauten Triebwagens Nr. 23. Bei jedem Zugsicherungsmagnet mussten eine Art "Überfahrtbrücken" auf die Schienen gelegt werden, damit die Achsen mit den Zahnrädern etwas angehoben wurden.

Betriebsstörungen durch Naturgewalten sind bei der RHB nicht ganz selten. Oberhalb Wartensee und zwischen Wienacht-Tobel und Schwendi durchfährt sie Rutschgebiete; verschiedenenorts haben teils unscheinbare Bäche immer wieder einmal Schäden angerichtet, so insbesondere durch den in einem Durchlass unter dem grossen Damm zwischen Schwendi und Heiden verlaufenden Mattenbach. Mit den an diesem Bachlauf beteiligten Kantonen und Gemeinden ergaben sich immer wieder einmal Differenzen über die Kostentragung für die Verbauungen.

Schon am 17. Januar 1876 wurde die Linie durch einen Dammrutsch im "Schlipf" unterbrochen, so dass der letzte Zug nicht mehr durchfahren und nach Schwendi zurückkehren musste. Der Güterverkehr nach Heiden musste eingestellt werden. Bis zur Wiederaufnahme des durchgehenden Betriebes am 1. März verkehrte nur an Mittwoch und Samstag ein Zugspaar zwischen Schwendi und Rorschach.

Von 1888 wird berichtet: Wegen der schlechten Witterung traten laufend Erdrutsche auf, was fast den ganzen Sommer "eine eigene Abtheilung Arbeiter" mit Instandstellungsarbeiten beschäftigte.

Ebenfalls wasserbedingt sind gelegentliche Sperrungen der Strecke nach dem Hafenbahnhof bei Hochwasser des Bodensees. Die Dampflokomotiven und die alten hochbeinigen SBB-Lokomotiven befuhren die Strecke aber immer wieder mal, wenn von den Gleisanlagen längst nichts mehr zu sehen war, so dass Anschlusszüge für die RHB in Marsch gesetzt werden konnten. Mit den RHB- und modernen SBB-Triebfahrzeugen mit tiefliegenden Motoren ist dies nicht möglich. Als Ersatz für den Hafenbahnhof steht nun die neue Haltestelle Rorschach Stadt an der höherliegenden St.Gallerlinie zur Verfügung.

Sturm und Schneelast führen hin und wieder zu Störungen des elektrischen Bahnbetriebes der RHB, die auf weite Strecke durch Waldgebiet verkehrt.

Auch von Bränden blieb die RHB nicht ganz verschont. So brannte 1906 ein Teils des (damaligen) Depots Heiden; das beim Wiederaufbau wenigstens äusserlich etwas schöner ausgeführt wurde; mangels Platz konnte keine Vergrösserung vorgenommen werden. 1972 brannte der Lagerschuppen neben der Werkstätte ab und musste ersetzt werden.

Störungen an Triebfahrzeugen kommen heute im Vergleich zur Dampfzeit, als Achs-, Schubstangen- und Kurbelwellenbrüche zu verzeichnen waren, wesentlich weniger vor.

1912 stürzte Bahnmeister Jakob Reich auf seiner Diensttour abends zwischen Wienachten und Schwendi und blieb bewusstlos im Gleis liegen und wurde dann von einem Güterzug überfahren. Die Hinterbliebenen erhielten eine Entschädigung von 10'000 Franken. 1937 ereignete sich ein tödlicher Unfall durch Überfahren eines Fahrgastes, der in Rorschach Hafen aus dem seeseitigen Pissoir kommend noch auf den abfahrenden Abendzug der RHB aufspringen wollte